Este acontecimiento tuvo tanto implicaciones en la configuración del poder real de la nueva dinastía en Castilla con su derrota definitiva en 1522, como en el hecho de ser icono del liberalismo decimonónico de la rebelión del pueblo contra la Monarquía Absoluta y ello se muestra en el Congreso de los Diputados con los nombres de los principales representantes del movimiento.

A la situación de inestabilidad política en Castilla tras la muerte de Isabel en 1504 por los conflictos nobiliarios entre los partidarios de Felipe de Habsburgo y los de Fernando II de Aragón, se suma un periodo de crisis económica por la fuga de materias primas al extranjero beneficiando a los terratenientes, en detrimento de la industria castellana a la cual hay que sumar malas cosechas y epidemias.

Carlos I llega a Castilla en 1517 junto con una corte de consejeros flamencos y tras obtener el permiso de su madre Juana, recluida en Tordesillas, para gobernar, convocó cortes entre 1518 y 1520 (Valladolid, Zaragoza, Barcelona, Santiago y La Coruña) donde los procuradores se quejaron de la presencia de extranjeros y el poco conocimiento que presentaba el rey de las leyes e idioma castellanos. Con la muerte de Maximiliano quedaba libre el puesto imperial, por lo que Carlos pidió ayuda económica en las cortes para su viaje al Sacro Imperio. Todo esto provocó el levantamiento de las principales ciudades de Castilla, empezando por Toledo, aprovechando la ausencia del monarca. 

Los rebeldes no reconocían a Carlos como rey de Castilla siendo su madre considerada como legítima reina, por lo que las conversaciones con ella se enfocaron a hacerla defensora y servidora de la causa comunera, aprovechando su debilidad y cambios de estados de ánimo.

El marco social de los rebeldes estaba formado principalmente por el estado llano, comerciantes, manufactureros y gremios, así como la baja nobleza, las pretensiones de los rebeldes estaban enmarcadas en la defensa del bien común, que era el deber del monarca que debía servir y atender al pueblo sobre las necesidades propias. Para ello se reivindicaba un aumento del poder real sobre la aristocracia terrateniente, la conservación de los privilegios de las ciudades y la independencia de los tribunales superiores, una reducción de los impuestos y de los gastos del gobierno y limitación de las exportaciones de lana al extranjero.

La baja nobleza (caballeros e hidalgos) que había salido fortalecida en las leyes de Toro de 1505, no estaba dispuesta a que su poder se redujera en favor de un monarca que centrara el poder en su persona, por lo que aprovecharon la situación de inestabilidad entre 1504 y 1520 oponiéndose a considerar a Fernando el Católico y luego a su nieto Carlos como reyes de las Españas e integrándose en las filas de los comuneros.

El día 23 de abril de 1521 tuvo lugar la batalla de Villalar, que marcó el declive de la causa comunera. Los principales cabecillas comuneros Juan Padilla, Juan Bravo y Francisco Maldonado, serían ejecutados, mostrando la superioridad del ejército imperial frente a unas desorganizadas milicias urbanas.

Tras el conflicto, Carlos I consideró el modo de actuar con respecto a Castilla, que pasará a desempeñar un papel de primer orden en el mantenimiento tanto económico como militar del Imperio.